Cà phê hữu cơ được trồng theo phương pháp hữu cơ, tức là không sử dụng hóa chất tổng hợp như phân bón hóa học, thuốc trừ sâu hoặc herbicide. Thay vào đó, người trồng cà phê hữu cơ ưu tiên sử dụng phân bón hữu cơ, phân bón tự nhiên và các phương pháp tự nhiên khác để bảo vệ cây cà phê và đất đai.